随着基因测序研究技术的快速发展，近些年我们开始重新认识肠道菌群对人类健康的影响。2008年，由美国国家卫生研究署（NIH）发起的人类微生物组项目（HMP）大大促进了我们对广阔的微生物世界的了解。传统的细菌培养方法分辨菌群的能力非常有限，而新的基因测序技术可以通过检测细菌基因组的某个特定区域来测定出菌群的组成和多样性。研究发现人类的胃肠道栖息着近十兆（1013）至百兆（1014）的微生物，它们是人体细胞数的10倍，是人类基因组的150倍。
    最有趣的发现是，除了皮肤，口腔，呼吸道，泌尿生殖道，和胃肠道的菌群，人类的大脑中也发现有菌群存在。强有力的证据表明，肠道菌群可通过“脑-肠-菌群信号系统”极大地影响健康和疾病的各个方面。肠道菌群已经被发现与很多疾病相关，包括哮喘/过敏，自闭症，自身免疫性疾病，抑郁和焦虑，糖尿病，胃溃疡，血管硬化，炎症性肠疾病，过敏性肠综合征，和肥胖等。
最近的研究表明中枢神经系统和胃肠道之间的这一“脑-肠-菌群信号系统”具有双向通信功能。这一系统包括中枢神经系统，内分泌免疫系统，下丘脑-垂体-肾上腺轴，交感神经-副交感神经自主神经系统，肠神经系统，和肠道微生物。
    其实大脑和胃肠道的之间联系早已经被大家发现，最新的研究进一步确认肠道菌群在这一双向信息通道中起着重要的调节机制作用。例如，当人经历重大生活事件，这一应激事件会通过脑-肠系统下行影响胃肠功能，包括肠蠕动，渗透性，分泌，和免疫应答多种生理改变，会有胃痛，腹泻等症状，这些反应从而影响微生物群落的组成，包括益生菌群的减少；反之，自下而上，最新的研究发现肠道菌群的改变会影响动物或人的社会，情感，和行为，从而证明胃肠信号会被上传到大脑，从而影响中枢神经系统的功能。
    那么，健康的肠道菌群是如何建立起来的呢？新生儿期是一个非常关键的时期。许多因素影响新生儿肠道微生物组的，包括分娩方式，母亲饮食和营养，婴儿胎龄，喂养选择，看护的环境因素，以及使用抗生素。经由阴道分娩比经由剖腹产出生的婴儿有更健康的菌群（微生物多样性）因为暴露于正常产妇的阴道，粪便和上皮菌群有助于菌群的植入。
有趣的是，研究报告表明，母亲胃肠道微生物群落在怀孕期间也发生了巨大变化，以支持一个健康的婴儿的出生。母亲肠道的双歧杆菌菌株是阴道分娩婴儿肠道微生物的重要来源。此外，母乳喂养的婴儿能够通过母乳和与母亲皮肤的接触获得微生物组，以在短期内帮助婴儿建立健康菌群。足月阴道分娩结合母乳喂养被认为是最理想的婴儿肠道微生物发展的模式，这一模式还被证明与预防肥胖症以及其他慢性病有关。
    对于“脑-肠-菌群信号系统”与健康的科学研究才刚刚起步，这些研究结果在不断更新我们的知识和改变我们的思维，从而进一步促进我们的健康生活方式和行为。